为切实推动实验室对外开放，充分利用实验室的研究平台，实验室设立专项开放基金，择优资助药用资源与天然药物化学相关领域学术思想新颖、立论根据充分、研究目标明确、研究内容具体、研究方法与技术路线合理的研究课题。实验室开放课题面向校内外具有高级专业技术职务或博士学位的在职科研人员，课题的设置与审批严格按照《药用资源与天然药物化学教育部重点实验室开放基金管理条例》执行，由实验室学术委员会按照“公平竞争、择优支持”的原则审批立项。本评估期实验室设立了7项开放课题，分别由中国药科大学、西北大学、中南民族大学、山西中医药大学、湖北医药学院、西安交通大学、阿克苏职业技术学院承担，围绕大宗药材的高附加值产品开发、次生代谢产物的合成及调控、中药活性组分的药理效应等研究方向，取得了较好的研究结果，与相关机构建立了长期的、实质性的合作关系，为发挥实验室教育科研辐射功能，推动科技开放合作和人才培养起到了积极的作用。
