实验室贯彻“开放、流动、联合、竞争”的宗旨，本着“尊重人才、开拓创新、求实奉献”的指导思想，支持学科交叉，包容不同学术观点，积极开展国内外实验室间合作，整合资源，凝聚力量，积极培养青年科技人才，着力打造高水平实验室。实验室秉承管理规范化、制度化，重视实验室安全有序；制定《教育部重点实验室管理制度》、《科研课题管理办法》、《实验室工作人员条例》、《标志性科研成果经费奖励办法》、《研究生日常管理办法》等规章管理制度并认真执行，有力的保障了实验室工作规范、有序进行。实验室网站建设功能齐全，各类信息详实有据，成为实验室对外宣传交流开放窗口。
实验室实行学术委员会指导下的主任负责制和总体目标分工合作制。实验室主任全面负责实验室各项工作，根据实验室工作需要按需设岗，按岗聘任，重视高层次人才的引进，定时向学校和学术委员会做实验室工作报告。具体工作实施由各副主任及下设实验办公室进行分工协作，责任明确清晰。
实验室学术委员会为学术评议审查机构。学术委员会每年召开1次会议，以审定实验室的研究方向及研究规划，并根据学科最新进展，调整实验室学科发展方向；听取实验室主任的工作报告，审定实验室的年度报告；审定开放研究课题指南及课题管理办法，评审开放研究课题；参与评议和鉴定实验室研究成果；针对实验室研究和管理中的问题提出指导意见。
实验室围绕“药用资源与天然药物化学”核心主题开展工作，营造了宽松民主、探索求真的科研氛围和学术风气，未发生违反学术道德的事件。
